Menceritakan 2 bulan setelah kejadian Tuatha de Danaan pada seri sebelumnya. Mithril akhirnya sadar akan teknologi rahasia yang mampu melawan mode ECS (Electronic Cloaking System). Organisasi yang dikenal sebagai Amalgam juga memiliki “Teknologi Hitam” yang di peroleh dari “whispered” seperti Kaname Chidori dan seperti agen intelijen lainya. Mereka juga berniat untuk mengumpulkan lebih banyak lagi, namun misi Sousuke untuk melindungi Kaname dihentikan oleh Mithril. Dan sepertinya semua berjalan sesuai rencana Amalgam…
