Sepuluh tahun yang lalu, Ryouta Murakami berangkat dengan sahabatnya Kuroneko untuk menemukan bukti kehidupan asing. Kecelakaan tragis terjadi, membunuh Kuroneko dan melukai Ryouta. Untuk menghormati ingatan Kuroneko, Ryouta sekarang mencari langit malam untuk tanda-tanda asing, bertekad untuk membuktikan bahwa temannya itu benar, dan alien benar-benar ada.
Kemudian suatu hari, seorang murid pindahan baru datang ke kelasnya dan menghancurkan semua yang dia yakini: namanya adalah Kuroha Neko, dan dia terlihat persis seperti Kuroneko yang telah meninggal. Kuroha menolak menjadi teman Ryouta, tapi ada yang aneh tentang dirinya. Dia entah bagaimana mendapatkan tes yang sulit untuk ditransfer, tetapi tidak tahu tabel perkaliannya. Dia memiliki kekuatan yang tidak manusiawi dan kemampuan yang aneh. Dan yang paling aneh, dia memprediksi kematian.
Setelah Kuroha menampilkan kekuatan supernatural dalam menyelamatkan hidupnya, Ryouta menjadi bagian dari kehidupan Kuroha, belajar tentang masa lalunya dan kekuatan tersembunyi yang ada di alam semesta. Ketika dia semakin tenggelam ke dalam dunia penyihir dan sihir yang dibuat secara artifisial, Ryouta harus membiarkan pikiran ilmiahnya untuk menerima bahwa Kuroha memiliki kekuatan yang sangat nyata – jenis kekuatan beberapa kekuatan akan berhenti untuk mendapatkan apa-apa.
